Das Schloss Binningen, erstmals im Jahre 1299 als Weiherschloss erwähnt, wurde  wahrscheinlich  in der zweiten Hälfte des 13. Jh., auf Eigengut des Basler Bürgers Heinrich von Zeise erbaut. Zwei Erdbeben erschütterten 1356 und 1374 die Anlage in ihren Grundmauern, ehe sie im Jahre 1409 fast vollständig abbrannte und als Ruine veräussert wurde. Zehn Jahre später, so vermuten Historiker, habe man sich an den Neuaufbau des Schlosses gemacht, das aber bereits im Zuge des St. Jakobskrieges 1444 durch habsburgische Truppen erneut zerstört wurde.

Wahrscheinlich bestand das Schloss anfangs aus zwei Gebäuden, getrennt durch einen Hof.  Die Erdbeben und spätere Umbauten machten eine klare Definition bisher unmöglich.
Um das Jahr 1520 gewann das Schloss an Bedeutung für die Stadt Basel. Der Vogt von Solothurn auf Dorneck sollte Gefallen an Schloss und Dorf gefunden haben und wollte beides käuflich erwerben. Solothurn hätte somit sein Territorium im Birsigtal ausgedehnt.

Natürlich widersprach dies den Machtinteressen der Basler; 1529 kaufte ein Ratsmitglied das gesamte Anwesen, wodurch die Stadt Basel das Vorverkaufsrecht besass und die solothurnische Expansion gebannt war.

Das Schloss galt nunmehr als "offenes Haus", welches bei Bedarf als militärischer Vorposten der Stadt genutzt und mit Truppen besetzt werden konnte. Im Jahre 1545 kauften Johann von Brügge und Joachim van Berchem das Schloss, das Landgut St. Margarethen und das Holeeschlösschen.
Herr von Brügge war kein geringerer als David Joris, Führer einer niederländischen Täufergemeinde. Er lebte in Basel unter einer falschen Identität. Erst nach seinem Tod 1556 kam die Wahrheit ans Licht. Joachim van Berchem musste als Schwiegersohn von Joris der Irrlehre abschwören. Im Jahre 1574 übernimmt Nikolaus von Hatstatt das Schloss. Er verfügte, dass  es nach seinem Tode an Basel fiel.

Die Stadt verpachtete das Anwesen zunächst. Später wurde es an die Familie Eckstein veräussert, und um 1613 befand es sich in der Hand des Grafen von Sulz aus Würtemberg. Als Eigentümer folgten Georg Willhelm von Freudenstein und später Freiherr von Polheim und zu Wartenburg.
Im 17.Jh. erlangte das Schloss unter Freiherr von Polheim eine stattliche Ausdehnung, die in einem Aquarell von 1670 bezeugt wird. Das aus einem viergeschossigen Osttrakt und einem zweigeschossigen Westtrakt bestehende Schloss hatte zwei runde und einen eckigen Turm.  Der Eingang führte durch den Osttrakt.
Heute führt der Eingang in den Innenhof, der damals noch kein bedeckter Raum war. Der alte Eingang besass ein Vorwerk mit Zugbrücke und war durch eine Holzbrücke über den Weiher zu erreichen, der das Schloss umgab.

Zwischen 1738 und 1752 verschwand der Rundturm an der Nordostecke. Im Jahre 1772 wurde der Weiher aufgefüllt und der Eingang verlegt. Zwei von vier Geschossen trug man ab und auch die Türme wurden verkleinert. Das Schloss war nur noch ein Schatten seiner selbst.
Im Jahre 1817 ging das Schloss an Niklaus Singeisen aus Liestal, der ein Sommercasino einrichten wollte, was aber vom Tavernenwirt vereitelt wurde. Der Gemeinderat verbot den Ausschank von Getränken und das Servieren von Speisen im geplanten Casino, womit die Idee von Restaurant vorerst erledigt war.
1870 gab es erstmals eine Gastwirtschaft im Schloss. William Robert Rowan, ein englischer Ingenieur, war für elf Jahre Schlossbesitzer. Er brachte neue Elemente bei Umbauten hinein, so wurde 1895 der Hof überdacht.
Im 20. Jh. folgte Umbau auf Umbau, bevor die Gemeinde Binningen das Schloss 1960 käuflich erwarb.
Heute befindet sich im Schloss Binningen ein romantisches Restaurant und Hotel.